Η χρήση προφυλακτικού περιορίζει μεν (μέχρι και 70%, σύμφωνα με όλες τις δημοσιεύσεις), αλλά δεν αποκλείει εντελώς τον κίνδυνο μετάδοσης των HPV. Οι αιτίες είναι προφανείς:

Το προφυλακτικό δεν καλύπτει ολόκληρη την επιφάνεια του πέους. Μπορεί να υπάρχουν φλεγμονώδεις αλλοιώσεις σε γύρω περιοχές (στους όρχεις, στο εφήβαιο, στο περίνεο), που τρίβονται κατά την επαφή.
Το προφυλακτικό δε χρησιμοποιείται αυστηρά σε όλες τις επαφές και σε όλη τη διάρκεια της επαφής.

Παρόλο που το προφυλακτικό δεν εξαλείφει πλήρως τον κίνδυνο μετάδοσης των HPV, η χρήση του συνιστάται, έστω και για τη μερική προστασία που προσφέρει. Άλλωστε προφυλάσσει και από άλλα πολύ σοβαρά σεξουαλικώς μεταδιδόμενα νοσήματα.