Παρόλο που το προφυλακτικό δεν καλύπτει πλήρως από τον κίνδυνο μετάδοσης HPV, η χρήση του συνιστάται, έστω και για τη μερική προστασία που προσφέρει. Ιδιαίτερα ενδιαφέρουσες είναι πρόσφατες μελέτες, στις οποίες αποδεικνύεται, ότι η χρήση προφυλακτικού εκτός από τη μείωση του κινδύνου πρωτομόλυνσης από HPV, μειώνει και τα ποσοστά υποτροπών των αλλοιώσεων μετά τη θεραπεία (προφανώς λόγω μείωσης του σεξουαλικώς μεταδιδομένου ιϊκού φορτίου).
