Υπάρχουν περιπτώσεις που ο γιατρός προτιμά να αφαιρέσει μια κονδυλωματώδη αλλοίωση επειδή θα ήθελε να εξετασθεί μετά στο μικροσκόπιο. Αυτό γίνεται μερικές φορές σε κονδυλωματώδεις αλλοιώσεις στον τράχηλο της μήτρας και στο αιδοίο.
Επίσης σε μεμονωμένα μικρά κονδυλώματα, που δεν έχουν ευρεία βάση, η αφαίρεσή τους είναι εύκολη μετά από τοπική αναισθησία, η επούλωση είναι γρήγορη και το αισθητικό αποτέλεσμα πολύ καλό.
Η αφαίρεση των κονδυλωμάτων μπορεί να γίνει με χειρουργικό ψαλίδι, νυστέρι ή λαβίδα βιοψίας.
