Συνήθως στο πέος. Σε άνδρες που δεν έχουν υποστεί περιτομή είναι πιο συχνά στην κεφαλή. Λιγότερο συχνά ανευρίσκονται στο εφήβαιο, στο όσχεο, στις μηροβουβωνικές πτυχές και στην περιπρωκτική περιοχή. Έχουν εντοπιστεί περιπρωκτικά κονδυλώματα και σε άνδρες, που δεν είχαν πρωκτικές επαφές. Στους παθητικούς ομοφυλόφιλους, όμως, τα κονδυλώματα πρωκτού είναι πιο συχνά και χρειάζεται έλεγχος και του πρωκτικού σωλήνα.
