Η χρήση προφυλακτικού περιορίζει μεν (μέχρι και 70% –σύμφωνα με όλες τις δημοσιεύσεις), αλλά δεν αποκλείει εντελώς τον κίνδυνο μετάδοσης των HPV. Οι αιτίες είναι, ότι αφενός το προφυλακτικό δεν καλύπτει όλη την επιφάνεια του πέους και αφετέρου η μόλυνση από τους HPV είναι περιοχική και υπάρχουν συχνά μη ορατές αλλοιώσεις σε όλο το κατώτερο γεννητικό σύστημα, στο περίνεο και στην περιπρωκτική περιοχή.
