Πρόσφατες μελέτες αναφέρουν την ύπαρξη HPV υψηλού κινδύνου στο 25% των καρκίνων στοματοφάρυγγα και λάρυγγα (λέγονται και καρκίνοι κεφαλής – τραχήλου). Πιθανολογείται ότι σε μερικούς ανθρώπους οι HPV παραμένουν στην περιοχή του στοματοφάρυγγα και του λάρυγγα επί μεγάλο χρονικό διάστημα και μπορεί υπό κατάλληλες συνθήκες να προκαλέσουν προβλήματα, όμως ακόμη δεν γνωρίζουμε λεπτομέρειες για τη φυσική ιστορία της καρκινογένεσης από τους HPV στη συγκεκριμένη περιοχή του σώματος.
