Η απάντηση στην ερώτηση αυτή είναι αρκετά δύσκολη. Στους περισσότερους ανθρώπους (80-90 %), που μολύνονται από κάποιο τύπο HPV, η αναζήτηση ιϊκού DNA με την πολύ ευαίσθητη μέθοδο PCR, θα δείξει αρνητικά αποτελέσματα μετά από 2-3 χρόνια (περίπου το 70% «καθαρίζουν» μέσα στο πρώτο έτος). Αυτό χαρακτηρίζεται ως μια υγιής απάντηση του ανοσοποιητικού συστήματος. Μόνο σε ποσοστό 10% των γυναικών εμφανίζονται επίμονες και υποτροπιάζουσες αλλοιώσεις. Η μόλυνση από τους ογκογόνους HPV φαίνεται, ότι καταστέλλεται δυσκολότερα και ιδιαίτερα η μόλυνση από τους HPV 16 και 18. Έχει αποδειχθεί, ότι οι γυναίκες με επίμονες φλεγμονές από ογκογόνους HPV βρίσκονται σε μεγαλύτερο κίνδυνο για καρκινογένεση από τις αντίστοιχες γυναίκες, στις οποίες ο ιός έχει κατασταλεί μόνος του.
Δεν είναι απολύτως βέβαιο, εάν ο ιός απλά καταστέλλεται αλλά παραμένει σε μικρές ποσότητες στα κύτταρά μας (μεταπίπτει η μόλυνση σε λανθάνουσα μορφή) ή εξαφανίζεται εντελώς από το σώμα. Η πρώτη εκδοχή μοιάζει επικρατέστερη και επιβεβαιώνεται στους ανθρώπους εκείνους, που έχουν σταθερή μονογαμική σχέση και στους οποίους υποτροπιάζουν οι αλλοιώσεις, όταν μετά από χρόνια υποστεί σοβαρή βλάβη ή καταστολή το ανοσοποιητικό τους. Σε ανθρώπους με υγιές ανοσοποιητικό σύστημα δεν μας ενδιαφέρει η ύπαρξη λανθάνουσας μόλυνσης, αφού δεν θεωρείται μεταδοτική. Μας ενδιαφέρει, όμως, η πρόληψη καρκινογένεσης, ιδιαίτερα όσον αφορά στον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας, γι’ αυτό και συνιστώνται τακτικοί προληπτικοί έλεγχοι.
